提速近10倍!基于深度学习的全基因组选择新方法来了******
近日,中国农业科学院作物科学研究所、三亚南繁研究院大数据智能设计育种创新团队联合多家单位提出利用植物海量多组学数据进行全基因组预测的深度学习方法, 可以实现育种大数据的高效整合与利用,将助力深度学习在全基因组选择中的应用,为智能设计育种及平台构建提供有效工具。相关研究成果发表在《分子植物(Molecular Plant)》上。
全基因组选择作为新一代育种技术,通过构建预测模型,根据基因组估计育种值进行早期个体的预测和选择,从而缩短育种世代间隔,加快育种进程,节约成本,推动现代育种向精准化和高效化方向发展。
统计模型作为全基因组选择的核心,极大地影响了全基因组预测的准确度和效率。传统预测方法基于线性回归模型,难以捕捉基因型和表型间的复杂关系。
相较于传统模型,非线性模型(如深度网络神经)具备分析复杂非加性效应的能力,人工智能和深度学习算法为解决大数据分析和高性能并行运算等难题提供了新的契机,深度学习算法的优化将会提高全基因组选择的预测能力。
该研究团队以玉米、小麦和番茄3种作物的4种不同维度的群体数据为测试材料,通过创新深度学习算法框架开发了全基因组选择新方法。
与其他五种主流预测方法相比,该方法有以下优点: 可以利用多组学数据开展全基因组预测;算法设计中包含批归一化层、回调函数和校正线性激活函数等结构,可以有效降低模型错误率,提高运行速度;预测精度稳健,在小型数据集上的表现与目前主流预测模型相当,在大规模数据集上预测优势更加明显;计算时间与传统方法相近,比已有深度学习方法提速近10倍;超参数调整对用户更加友好。
该研究得到了国家重点研发计划、国家自然科学基金、海南崖州湾种子实验室和中国农业科学院科技创新工程等项目的支持。
学术支持
中国农业科学院作物科学研究所
记者
宋雅娟
狠抓安全生产责任和措施落实 切实维护人民群众生命财产安全******
李克强对全国安全生产电视电话会议作出重要批示强调
狠抓安全生产责任和措施落实 切实维护人民群众生命财产安全
刘鹤王勇赵克志出席会议
新华社北京1月11日电 国务院1月11日召开全国安全生产电视电话会议。国务院总理李克强作出重要批示。批示指出:安全生产重于泰山,须臾不可放松。2022年,经过各方共同努力,全国安全生产形势保持总体稳定,同时风险挑战仍然较多。各地区、各有关部门和单位要坚持以习近平新时代中国特色社会主义思想为指导,认真贯彻党中央、国务院决策部署,坚持安全第一、预防为主,落实统筹发展和安全的要求,狠抓安全生产责任和措施落实,坚决防范遏制重特大事故。要提高精准执法和服务水平,扎实开展安全生产重大隐患专项整治,进一步加强交通运输、矿山、建筑施工、危化品、消防等重点行业领域安全监管和风险隐患排查治理。当前正值岁末年初,要坚决克服麻痹思想,强化应急备勤和值班值守,提升应急救援处置能力,切实维护人民群众生命财产安全。
国务院副总理、国务院安委会主任刘鹤,国务委员、国务院安委会副主任王勇、赵克志出席会议。会议指出,党的十九大以来的五年,各地区、各有关部门和单位认真贯彻落实习近平总书记重要指示精神和党中央、国务院决策部署,坚守安全红线,强化责任措施落实,推动安全生产工作取得显著成效。当前复工复产和消费恢复加快推进,不稳定不确定因素较多,安全生产形势依然严峻复杂,务必保持清醒认识。
会议要求,坚持以习近平新时代中国特色社会主义思想为指导,深入贯彻党的二十大和中央经济工作会议精神,落实李克强总理批示要求,全力做好安全生产各项工作。要更好统筹发展和安全,严格把好规划、建设、生产、运行等各环节安全关,推动安全生产治理模式向事前预防转型。压紧压实安全责任,拧紧扣牢属地管理、部门监管和企业主体责任链条。坚持安全第一、预防为主,坚持不懈落实十五条硬措施,深化重点行业领域专项整治,持续强化安全监管执法,夯实安全生产基层基础,不断提升本质安全水平。要针对春节、全国两会等重要时段,完善应急预案和防范措施,强化应急备勤和值班值守,坚决遏制重特大事故发生,确保岁末年初安全生产形势稳定。
此前,国务院安委会召开全体会议,研究了有关工作。
《光明日报》( 2023年01月12日 03版)